RNAdraw

      - DOS/UNIX文本文件可以导入到序列编辑窗口和序列信息编辑窗口。

      - GenBank查找的结果文件可以导入到RNAdraw. 不同的组成内容会被放到相应字段中去。

      - RNAfold结构计算输出文件可以当成新文件导入，也可以与现存的文件合并。这样就可以利用UNIX 强大的计算功能来计算，然后用RNAdraw来处理结果。

      - Mfold关联Connect (.ct,.con ( GCG PlotFold -H ))文件可以当成新文件导入，也可以与现存的文件合并。这样就可以用M. Zukers不同版本的mfold程序来计算最佳的结构然后用RNAdraw来处理结果。

      1、点击“File，在下拉菜单中选择 ” “New File，输入你想要的文件名，点 ” OK。出现以下界面

      点击文件下的子文件，双击，进行你的序列导入。通常进行 RNA 结构的计

      算时，输入的基因序列达到数千个之多， 但由于软件本身与电脑的计算能力有限，建议先查找目的物的亚基所对应的基因来分别进行计算。

      同时通过人工输入长序列会很麻烦，在序列输入时可以 copy and paste。在序列输入框中右击出现的下拉菜单中选择 clipboard，在子菜单中选择 paste from，来粘贴你所复制的序列。然后回车。序列输入完毕。

      2、二级结构的计算

      序列导入完成后，于文件下子目录上右击在下拉菜单中选择 calculate，在子菜单中选择 structure(s)，进行计算(各项条件默认，如果有条件可以改变条件设置)。以下为计算后程序框

      双击蓝色部分：

      在弹出的窗口上右击，选择 view structure。则出现了该序列的 2D 结构。

      3、siRNA 靶点的筛选

      在 siRNA 设计过程中，通过如 Ambiom siRNA Target Finder，所选取的可能的靶序列中，有些会存在空间阻碍，从而影响设计的 siRNA 的沉默效率。所以对得到的靶序列利用 RNAdraw 进行二级结构进行筛选。

      通常利用 Ambiom siRNA Target Finder 所查找到的靶序列会标有序列起点核苷酸编号，通过这个编号在 RNAdraw 上进行序列筛选。

      在 RNAdraw 的二级结构计算图上右击选择 show mode，在对话框中继续勾选 show bases和 loop numbers，选择 Label Rate为 1。

      点击 ok 后出现了带有碱基，编号，还有二级序列的结构图， 右击可以进行放大

      通过靶序列对应的核苷酸编号， 来对应基因二级结构上的序号， 惊醒空间结构的筛选。将空间阻碍大的序列进行排除。

      4、文件的保存

      在我们筛选完后可能有的结构还需要检查， 要对文件进行保存。 右键点击主文件，选择 save file，保存到电脑。下次使用时，直接拖如程序框即可。