分子生物学分析软件

      1、相似性和差异性：关联、距离、34个关联系数和11个遗传距离系数。

      2、聚类：UPGMA和其他等级结构的SAHN方法(可以是多重关系)、邻接法和共同树的几种形式。

      3、图论方法：最短长度的生成树和用邻接法绘制图片(可以是无根系统树)。

      4、 排序：主成分或主坐标分析、对应分析、度量与非度量多维尺度分析、奇异值分析和Burnaby方法、典型分布随机分析、方案的多因素分析、常见的主成分分析、偏最小二乘、多关联性和典型相关。

      5、图片互动：表征图、物种树、二维散点图，相似性和差异性矩阵的对比、傅立叶的大纲图、Procrustes绘图和三维视点绘图。

      6、多变量测试：典型变量分析、协方差矩阵测试、维数测试、广义多元回归分析。同时还有辅导程序和模拟实验内容。

      7、几何形态测量：包括Procrustes分析的特殊组件，用于叠加重点结构，绘制Procrutes分析的结果图片，绘制轮廓图片和轮廓形状的傅立叶系数(包括2D和3D椭圆图片)和部分2D和3D的弯曲系数并估算统一部分。

      8、其他：由同表象相关、Mantel测试，3-way Mantel测试，数据标准化和矩阵转化等进行矩阵对比。矩阵可分割或合并。

      一、数据的处理

      1、读板

      2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列，eg：10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表。

      3、再把上表列成NTSYS能识别的格式，eg：10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——(有带读1、无带读0、缺失读999)。

      注：一般情况下不只是satt140一个引物，而是多个引物，则应该把各个引物的如上数据合成在一个工作簿中，并只保存一个工作表sheet1，输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘，如下图——(这样就可以用NTSYS-pc分析。

      二、NTSYSpc用法

      1、生成矩阵：在excel按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=10表示扩增的总条带数，C1=5表示样本数，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。

      输入完毕后，将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。(注：这里的B1和C1颠倒，应该在qualitative data一步中选by rows)

      2、生成系统树：打开NTSYS-PC程序，点击similarity

      点击input file，打开生成的excel文件，点击out file起一个文件名(假设叫A)，然后点击compute按钮。继续点击clustering，再点SHAN。

      点击input file，打开文件A，点击out file起一个文件名(假设叫B)，然后点击compute按钮。然后点Graphics，再点tree plot，点击input file，打开文件B，然后点击compute按钮，就会出现聚类图。

      3、生成遗传相似度表：

      点File中的Edit file,打开文件A，再点compute按钮，就会得到遗传相似度表。

      这个软件的功能很强大，但我也只会做聚类图和遗传相似度，如果其他朋友还会使用其它功能，请多交流。