Mesquite

　　1、数据管理和处理

　　Mesquite具有许多用于管理数据的功能。 它有一个编辑形态数据的编辑器：

　　DNA和蛋白质序列数据：

　　有手动和自动序列比对的工具，以及许多其他工具来操作序列。 还有许多可视化选项; 例如，这里有一些蛋白质编码的DNA序列，细胞的颜色代表核苷酸编码的氨基酸：

　　许多种类的元数据可以附加到矩阵中的分类，字符或单元格，包括注释，图像，替代名称，预选集合和彩色标签。 所有这些都有助于排序和操作数据：

　　2、树状图和分析

　　Mesquite具有许多用于可视化和编辑树的功能。它不是主要用于推断系统发育树，而是用于已经推断的树的不同分析。

　　Mesquite有一个树查看器和编辑器，您可以从中打印出版质量的树：

　　使用系统发育树的分析可以在树窗口中完成，例如重建祖先状态：

　　测试角色演变过程的分析包括Pagel 1994年的相关性测试和成对比较：

　　像BiSSE这样的物种多样化测试可用：

　　使用Mesquite的图表功能，可以在一组多棵树上计算统计数据，从而可以确定系统发育不确定性对结论的影响：

　　聚结模拟允许测试群体遗传学和系统地理学假设：

　　可以进行多变量分析，包括PCA和CVA，以及嵌入在morphospace中的系统发育树：

　　各种其他统计数据并在树上可视化，例如GC / AT组成偏差：

　　3、扩展

　　Mesquite的模块化意味着可以通过添加单独分布式软件包中提供的模块来扩展它。 例如，有一个名为Chromaseq的软件包，它提供了处理色谱图和进行碱基调用的工具：

　　Zephyr允许Mesquite与外部系统发育推理程序(如RAxML或GARLI)进行交互; Zephyr将数据发送到这些程序，然后收集结果。 对于GARLI，可以在搜索过程中可视化树：

　　还有另一个名为TreeSetViz的包，它允许您在树的相似性的多维空间中可视化树之间的关系：

　　制图师为分类群的绘图提供工具：

　　包括生成允许您在Google地球中查看树的KML文件：