1、阶梯式设门
FlowJo独特的阶梯式设门试一次革命性的创新。他一改传统复杂的逻辑门设置，将细胞群之间的逻辑关系用简单的递进阶梯式去呈现，并可以自定义细胞群名称、进而直观的现实细胞群统计值，让分析结果一目了然，简单清晰。
2、图像呈现法
FlowJo提供了灵活的数据呈现方式，全方位满足用户的数据分析需要。它可以呈现一维的直方图，传统的二维图形，及动态立体的三维图形，从多个角度和空间对数据进行360°的静态以及动态解析。
3、多种图形类型
FlowJo除了提供传统的散点图，还提供多种图形类型(如密度图，等高图，伪色图，斑马图等)，在满足不同分析需求的同时还保证了图像的美观和科学严谨需求。
4、多种设门工具
设门是流失数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管要检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布，小概率事件还是大概率事件，FlowJo提供了多种设门工具，从而让用户方便的界定各种细胞群。
5、强大的批量处理功能
用户可以做一个样品的门分析，然后将这个分析批处理应用到其他样品上;也可以做一个样品的图形分析，然后将这个分析批处理用到其他样品上。这样避免了对每一个样品进行重复性试验的分析，即保证了数据分析的一致性及灵活性，同时也极大地提高了分析的效率并且得到完美的分析结果。
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