1、首先根据提示安装好软件之后，准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。
2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。
3、打开刚刚保存下来的fasta序列。
4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。
5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。
6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)和Minimum-Evolution(最小进化法)方法，在此选择选择Neighbor-Joining(邻接法)建树。
7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰。
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